Seit 2011 betreibt das Museum systematische Provenienzforschung in Bezug auf seine Sammlungen, recherchiert die Erben bzw. Rechtsnachfolger der rechtmäßigen Eigentümer von Objekten, die während der NS-Herrschaft in die Sammlung gelangten, und organisiert deren Naturalrestitution. Für Objekte aus den Sammlungen Bondy, Rothschild, Pollak und Taussig konnte dies bereits erfolgreich umgesetzt werden.